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Rfam analysis

On these pages you find the analysis of the Rfam alignments published in:

Semiautomated improvement of RNA alignments E. S. Andersen, A. Lind-Thomsen, B. Knudsen, S. E. Kristensen, J. H. Havgaard, E. Torarinsson, N. Larsen, C. Zwieb, P. Sestoft, J. Kjems and J. Gorodkin, RNA 13:1850-1859, 2007.

The four examples presented in the paper can be downloaded here: examples_data.tar.gz (116 KB). The folder contains files before and after editing that you can inspect in SARSE. The full projects can also be downloaded for inspection of the editing and evaluation scores: examples_projects.tar.gz (132 MB)

You can download the analysed alignment (pcluster.col) or the original Rfam alignment (rfam.col). The alignments are in the column format and can thus be loaded directly in SARSE. You can also download all the files at once: Rfam_8.0_sarse.tar.gz

You can sort the Rfam alignments by: Inconsistent base pairs, Novel base pairs, Consistent base pairs

The novel predictions are sorted into three groups with high (red), medium (orange) and low (green) average reliability (Av.rel.). Within each of these groups the alignments are sorted by the novelty score (Sno) divided by the amount of sequences in the alignment (N).

Rank	Rfam_ID	Sno/N	Av.Rel.	Plot	Download
1	SNORD22	39.1	0.8501		pcluster.col.gz rfam.col.gz
2	snoMe28S-Am2589	33.8	0.8458		pcluster.col.gz rfam.col.gz
3	Intron_gpI	25.7	0.9317		pcluster.col.gz rfam.col.gz
4	SNORD12	21.9	0.8925		pcluster.col.gz rfam.col.gz
5	mir-166	21.2	0.8042		pcluster.col.gz rfam.col.gz
6	sroC	20.7	0.8631		pcluster.col.gz rfam.col.gz
7	IRES_Picorna	19.9	0.8063		pcluster.col.gz rfam.col.gz
8	SSU_rRNA_5	19.7	0.8911		pcluster.col.gz rfam.col.gz
9	IRES_Pesti	19.4	0.8063		pcluster.col.gz rfam.col.gz
10	HIV_GSL3	18.7	0.8294		pcluster.col.gz rfam.col.gz
11	HgcC	18.4	0.8990		pcluster.col.gz rfam.col.gz
12	snoZ159	18.1	0.8242		pcluster.col.gz rfam.col.gz
13	snosnR55	17.8	0.8100		pcluster.col.gz rfam.col.gz
14	mir-172	17.8	0.8286		pcluster.col.gz rfam.col.gz
15	mir-129	17.7	0.8411		pcluster.col.gz rfam.col.gz
16	SNORD113	17.3	0.8132		pcluster.col.gz rfam.col.gz
17	RNase_MRP	16.8	0.8749		pcluster.col.gz rfam.col.gz
18	ykkC-yxkD	16.1	0.8072		pcluster.col.gz rfam.col.gz
19	snoZ185	16.1	0.8929		pcluster.col.gz rfam.col.gz
20	snoZ196	15.5	0.8614		pcluster.col.gz rfam.col.gz
21	SNORA12	14.8	0.8208		pcluster.col.gz rfam.col.gz
22	HIV_FE	14.2	0.8775		pcluster.col.gz rfam.col.gz
23	U2	13.6	0.8884		pcluster.col.gz rfam.col.gz
24	mir-8	13.4	0.9308		pcluster.col.gz rfam.col.gz
25	L20_leader	13.4	0.8423		pcluster.col.gz rfam.col.gz
26	CopA	13.3	0.8391		pcluster.col.gz rfam.col.gz
27	5S_rRNA	13.2	0.9988		pcluster.col.gz rfam.col.gz
28	SNORD27	12.5	0.8476		pcluster.col.gz rfam.col.gz
29	RNaseP_bact_b	12.1	0.8879		pcluster.col.gz rfam.col.gz
30	mir-399	11.8	0.8401		pcluster.col.gz rfam.col.gz
31	Telomerase-vert	11.7	0.8339		pcluster.col.gz rfam.col.gz
32	mir-1	11.4	0.8898		pcluster.col.gz rfam.col.gz
33	mir-19	11.3	0.8058		pcluster.col.gz rfam.col.gz
34	mir-156	10.8	0.8456		pcluster.col.gz rfam.col.gz
35	snoR16	10.8	0.8978		pcluster.col.gz rfam.col.gz
36	S15	10.7	0.8161		pcluster.col.gz rfam.col.gz
37	SNORA53	10.6	0.8192		pcluster.col.gz rfam.col.gz
38	L10_leader	10.5	0.8993		pcluster.col.gz rfam.col.gz
39	RNaseP_bact_a	10.4	0.8268		pcluster.col.gz rfam.col.gz
40	SNORD38	10.4	0.8243		pcluster.col.gz rfam.col.gz
41	mir-17	10.2	0.9085		pcluster.col.gz rfam.col.gz
42	Cobalamin	10.0	1.0000		pcluster.col.gz rfam.col.gz
43	Intron_gpII	9.9	0.8894		pcluster.col.gz rfam.col.gz
44	6S	9.5	0.9407		pcluster.col.gz rfam.col.gz
45	K_chan_RES	9.2	0.8439		pcluster.col.gz rfam.col.gz
46	snosnR64	9.1	0.9109		pcluster.col.gz rfam.col.gz
47	tmRNA	8.7	0.9110		pcluster.col.gz rfam.col.gz
48	U1	8.7	0.9127		pcluster.col.gz rfam.col.gz
49	RprA	8.6	0.8615		pcluster.col.gz rfam.col.gz
50	Qrr	8.4	0.8382		pcluster.col.gz rfam.col.gz
51	SNORD90	8.3	0.8256		pcluster.col.gz rfam.col.gz
52	SAM	8.0	0.9375		pcluster.col.gz rfam.col.gz
53	HCV_SLVII	7.9	0.8721		pcluster.col.gz rfam.col.gz
54	RNaseP_nuc	7.9	0.8708		pcluster.col.gz rfam.col.gz
55	T-box	7.7	0.8709		pcluster.col.gz rfam.col.gz
56	ctRNA_pND324	7.5	0.8154		pcluster.col.gz rfam.col.gz
57	mir-15	7.5	0.8297		pcluster.col.gz rfam.col.gz
58	Flavivirus_DB	7.4	0.9274		pcluster.col.gz rfam.col.gz
59	SNORD36	7.4	0.8084		pcluster.col.gz rfam.col.gz
60	U5	7.3	0.9141		pcluster.col.gz rfam.col.gz
61	SNORD34	7.2	0.9238		pcluster.col.gz rfam.col.gz
62	RNaseP_arch	7.0	0.8710		pcluster.col.gz rfam.col.gz
63	RtT	6.7	0.8329		pcluster.col.gz rfam.col.gz
64	Alfamo_CPB	6.4	0.9425		pcluster.col.gz rfam.col.gz
65	snoMe28S-Cm788	6.2	0.9375		pcluster.col.gz rfam.col.gz
66	Hammerhead_3	6.1	0.9442		pcluster.col.gz rfam.col.gz
67	RsmY	5.8	0.8276		pcluster.col.gz rfam.col.gz
68	Glycine	5.3	0.9639		pcluster.col.gz rfam.col.gz
69	SRP_bact	5.0	0.8978		pcluster.col.gz rfam.col.gz
70	SCARNA25	4.9	0.8141		pcluster.col.gz rfam.col.gz
71	tRNA	4.7	0.9403		pcluster.col.gz rfam.col.gz
72	mir-34	4.3	0.8219		pcluster.col.gz rfam.col.gz
73	SgrS	4.2	0.8167		pcluster.col.gz rfam.col.gz
74	Y	4.2	0.8367		pcluster.col.gz rfam.col.gz
75	snoZ37	4.2	0.8939		pcluster.col.gz rfam.col.gz
76	UnaL2	4.1	0.8756		pcluster.col.gz rfam.col.gz
77	Trp_leader	3.8	0.9024		pcluster.col.gz rfam.col.gz
78	mir-BHRF1-1	3.7	0.9251		pcluster.col.gz rfam.col.gz
79	U7	3.7	0.8285		pcluster.col.gz rfam.col.gz
80	SCARNA14	3.6	0.8043		pcluster.col.gz rfam.col.gz
81	mir-29	3.6	0.9009		pcluster.col.gz rfam.col.gz
82	Plasmid_RNAIII	3.5	0.8816		pcluster.col.gz rfam.col.gz
83	U12	3.4	0.8494		pcluster.col.gz rfam.col.gz
84	BTE	3.4	0.8408		pcluster.col.gz rfam.col.gz
85	mir-BHRF1-2	3.3	0.8212		pcluster.col.gz rfam.col.gz
86	ctRNA_pGA1	3.2	0.8372		pcluster.col.gz rfam.col.gz
87	Retroviral_psi	3.2	0.8659		pcluster.col.gz rfam.col.gz
88	Telomerase-cil	2.6	0.8357		pcluster.col.gz rfam.col.gz
89	TPP	2.6	0.9681		pcluster.col.gz rfam.col.gz
90	PyrR	2.1	0.9517		pcluster.col.gz rfam.col.gz
91	ykoK	2.0	1.0000		pcluster.col.gz rfam.col.gz
92	JEV_hairpin	2.0	0.9987		pcluster.col.gz rfam.col.gz
93	snoMBI-87	2.0	0.9901		pcluster.col.gz rfam.col.gz
94	EAV_LTH	1.8	0.9098		pcluster.col.gz rfam.col.gz
95	Hammerhead_1	1.8	0.9093		pcluster.col.gz rfam.col.gz
96	IRE	1.8	0.8925		pcluster.col.gz rfam.col.gz
97	IFN_gamma	1.8	0.8880		pcluster.col.gz rfam.col.gz
98	snopsi18S-1854	1.7	0.8356		pcluster.col.gz rfam.col.gz
99	s2m	1.4	0.8856		pcluster.col.gz rfam.col.gz
100	SNORA20	1.3	0.8907		pcluster.col.gz rfam.col.gz
101	mir-2	1.1	0.8276		pcluster.col.gz rfam.col.gz
102	Vimentin3	0.9	0.9393		pcluster.col.gz rfam.col.gz
103	speF	53.5	0.6863		pcluster.col.gz rfam.col.gz
104	IRES_n-myc	36.2	0.6463		pcluster.col.gz rfam.col.gz
105	IRES_Aptho	27.6	0.7663		pcluster.col.gz rfam.col.gz
106	SNORD15	26.9	0.7867		pcluster.col.gz rfam.col.gz
107	snoR24	26.9	0.7270		pcluster.col.gz rfam.col.gz
108	snoR11	21.9	0.7312		pcluster.col.gz rfam.col.gz
109	snoZ247	20.4	0.6795		pcluster.col.gz rfam.col.gz
110	SNORA70	19.2	0.7296		pcluster.col.gz rfam.col.gz
111	bicoid_3	18.9	0.7282		pcluster.col.gz rfam.col.gz
112	snoR44_J54	18.9	0.7468		pcluster.col.gz rfam.col.gz
113	mir-133	18.7	0.7803		pcluster.col.gz rfam.col.gz
114	QUAD	18.5	0.7694		pcluster.col.gz rfam.col.gz
115	RSV_PBS	18.1	0.7442		pcluster.col.gz rfam.col.gz
116	SNORD46	17.9	0.7318		pcluster.col.gz rfam.col.gz
117	Phage_pRNA	17.5	0.7948		pcluster.col.gz rfam.col.gz
118	mir-160	17.2	0.7184		pcluster.col.gz rfam.col.gz
119	SNORD101	16.8	0.6996		pcluster.col.gz rfam.col.gz
120	snoMe18S-Um1356	16.2	0.6742		pcluster.col.gz rfam.col.gz
121	snoR31_Z110_Z27	15.5	0.7225		pcluster.col.gz rfam.col.gz
122	SNORD37	15.0	0.7483		pcluster.col.gz rfam.col.gz
123	snosnR69	14.9	0.7441		pcluster.col.gz rfam.col.gz
124	ryfA	14.7	0.7342		pcluster.col.gz rfam.col.gz
125	SNORA73	14.7	0.7957		pcluster.col.gz rfam.col.gz
126	SraG	14.5	0.7262		pcluster.col.gz rfam.col.gz
127	SNORD49	14.2	0.7291		pcluster.col.gz rfam.col.gz
128	snoZ161_228	14.2	0.6294		pcluster.col.gz rfam.col.gz
129	U3	13.9	0.7788		pcluster.col.gz rfam.col.gz
130	SNORD14	13.6	0.6229		pcluster.col.gz rfam.col.gz
131	snosnR61	13.1	0.7590		pcluster.col.gz rfam.col.gz
132	SCARNA8	13.0	0.7248		pcluster.col.gz rfam.col.gz
133	snoR71	12.9	0.6254		pcluster.col.gz rfam.col.gz
134	snosnR54	12.8	0.7969		pcluster.col.gz rfam.col.gz
135	SNORD45	12.7	0.7118		pcluster.col.gz rfam.col.gz
136	SNORA65	12.7	0.7037		pcluster.col.gz rfam.col.gz
137	snopsi28S-1192	12.6	0.7881		pcluster.col.gz rfam.col.gz
138	mir-219	12.6	0.7328		pcluster.col.gz rfam.col.gz
139	mir-26	12.5	0.7814		pcluster.col.gz rfam.col.gz
140	SNORD54	12.5	0.7854		pcluster.col.gz rfam.col.gz
141	SNORD43	12.5	0.7145		pcluster.col.gz rfam.col.gz
142	snoR38	12.4	0.7761		pcluster.col.gz rfam.col.gz
143	U6	12.2	0.7783		pcluster.col.gz rfam.col.gz
144	snoZ256	12.2	0.6089		pcluster.col.gz rfam.col.gz
145	snosnR60_Z15	12.1	0.6743		pcluster.col.gz rfam.col.gz
146	snoZ12	11.4	0.7155		pcluster.col.gz rfam.col.gz
147	SL1	11.4	0.7359		pcluster.col.gz rfam.col.gz
148	SCARNA17	11.2	0.6200		pcluster.col.gz rfam.col.gz
149	snoZ195	11.0	0.7316		pcluster.col.gz rfam.col.gz
150	snoTBR7	11.0	0.6880		pcluster.col.gz rfam.col.gz
151	SraC_RyeA	10.9	0.6804		pcluster.col.gz rfam.col.gz
152	FMN	10.8	0.7703		pcluster.col.gz rfam.col.gz
153	snoR64	10.6	0.6553		pcluster.col.gz rfam.col.gz
154	mir-192	10.3	0.6459		pcluster.col.gz rfam.col.gz
155	SNORA51	10.3	0.7733		pcluster.col.gz rfam.col.gz
156	mir-24	10.2	0.6982		pcluster.col.gz rfam.col.gz
157	mir-16	10.2	0.7053		pcluster.col.gz rfam.col.gz
158	5_8S_rRNA	10.2	0.7964		pcluster.col.gz rfam.col.gz
159	Tombus_IRE	10.1	0.6514		pcluster.col.gz rfam.col.gz
160	snoR60	10.0	0.7173		pcluster.col.gz rfam.col.gz
161	snoR32_R81	9.9	0.7059		pcluster.col.gz rfam.col.gz
162	snoZ206	9.8	0.6134		pcluster.col.gz rfam.col.gz
163	Toga_5_CRE	9.6	0.6005		pcluster.col.gz rfam.col.gz
164	SNORD52	9.6	0.6852		pcluster.col.gz rfam.col.gz
165	mir-196	9.1	0.7650		pcluster.col.gz rfam.col.gz
166	SNORA57	9.0	0.7528		pcluster.col.gz rfam.col.gz
167	snoJ33	8.9	0.6347		pcluster.col.gz rfam.col.gz
168	msr	8.8	0.7627		pcluster.col.gz rfam.col.gz
169	SNORD79	8.7	0.6245		pcluster.col.gz rfam.col.gz
170	snosnR48	8.7	0.6193		pcluster.col.gz rfam.col.gz
171	snoR160	8.6	0.6166		pcluster.col.gz rfam.col.gz
172	SNORD63	8.6	0.6637		pcluster.col.gz rfam.col.gz
173	SNORA62	8.6	0.6157		pcluster.col.gz rfam.col.gz
174	SNORD18	8.6	0.7183		pcluster.col.gz rfam.col.gz
175	mir-218	8.6	0.7181		pcluster.col.gz rfam.col.gz
176	snoR41	8.6	0.6144		pcluster.col.gz rfam.col.gz
177	mir-395	8.6	0.7711		pcluster.col.gz rfam.col.gz
178	snoZ199	8.6	0.6339		pcluster.col.gz rfam.col.gz
179	Alpha_RBS	8.5	0.7100		pcluster.col.gz rfam.col.gz
180	SNORA41	8.5	0.6051		pcluster.col.gz rfam.col.gz
181	SNORD31	8.4	0.7028		pcluster.col.gz rfam.col.gz
182	Entero_CRE	8.3	0.7904		pcluster.col.gz rfam.col.gz
183	SNORA2	8.3	0.6522		pcluster.col.gz rfam.col.gz
184	U4	8.2	0.7671		pcluster.col.gz rfam.col.gz
185	Flavi_CRE	8.1	0.7647		pcluster.col.gz rfam.col.gz
186	SNORA26	8.1	0.7330		pcluster.col.gz rfam.col.gz
187	snoZ30	8.0	0.6698		pcluster.col.gz rfam.col.gz
188	HIV_PBS	8.0	0.7124		pcluster.col.gz rfam.col.gz
189	snoR105_108	7.9	0.7916		pcluster.col.gz rfam.col.gz
190	SCARNA6	7.8	0.6765		pcluster.col.gz rfam.col.gz
191	IRES_IGF2	7.7	0.6908		pcluster.col.gz rfam.col.gz
192	SNORA42	7.6	0.6102		pcluster.col.gz rfam.col.gz
193	snoZ155	7.6	0.6907		pcluster.col.gz rfam.col.gz
194	mir-7	7.6	0.7561		pcluster.col.gz rfam.col.gz
195	SNORA1	7.6	0.6299		pcluster.col.gz rfam.col.gz
196	IRES_HCV	7.5	0.7892		pcluster.col.gz rfam.col.gz
197	SNORA43	7.5	0.6691		pcluster.col.gz rfam.col.gz
198	U1_yeast	7.2	0.7249		pcluster.col.gz rfam.col.gz
199	snoR79	7.1	0.7142		pcluster.col.gz rfam.col.gz
200	lin-4	7.0	0.7459		pcluster.col.gz rfam.col.gz
201	mir-130	7.0	0.6526		pcluster.col.gz rfam.col.gz
202	snosnR71	6.9	0.6065		pcluster.col.gz rfam.col.gz
203	snoR12	6.9	0.7786		pcluster.col.gz rfam.col.gz
204	SNORD115	6.9	0.7603		pcluster.col.gz rfam.col.gz
205	mir-135	6.9	0.7794		pcluster.col.gz rfam.col.gz
206	snoMe28S-Cm2645	6.8	0.6836		pcluster.col.gz rfam.col.gz
207	SNORD102	6.7	0.6715		pcluster.col.gz rfam.col.gz
208	mir-103	6.7	0.6714		pcluster.col.gz rfam.col.gz
209	snoZ118	6.6	0.7684		pcluster.col.gz rfam.col.gz
210	snoZ163	6.5	0.6497		pcluster.col.gz rfam.col.gz
211	IRES_mnt	6.5	0.6481		pcluster.col.gz rfam.col.gz
212	mir-10	6.3	0.7582		pcluster.col.gz rfam.col.gz
213	snoPyro_CD	6.3	0.7056		pcluster.col.gz rfam.col.gz
214	7SK	6.2	0.6240		pcluster.col.gz rfam.col.gz
215	mir-148	6.2	0.7392		pcluster.col.gz rfam.col.gz
216	SCARNA13	6.1	0.7661		pcluster.col.gz rfam.col.gz
217	SNORA50	6.1	0.7631		pcluster.col.gz rfam.col.gz
218	L21_leader	6.0	0.7800		pcluster.col.gz rfam.col.gz
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220	CsrC	5.9	0.7425		pcluster.col.gz rfam.col.gz
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Last updated November 5th, 2007 by E. S. Andersen, A. Lind-Thomsen and J. Gorodkin