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Rfam analysis

On these pages you find the analysis of the Rfam alignments published in:

Semiautomated improvement of RNA alignments E. S. Andersen, A. Lind-Thomsen, B. Knudsen, S. E. Kristensen, J. H. Havgaard, E. Torarinsson, N. Larsen, C. Zwieb, P. Sestoft, J. Kjems and J. Gorodkin, RNA 13:1850-1859, 2007.

The four examples presented in the paper can be downloaded here: examples_data.tar.gz (116 KB). The folder contains files before and after editing that you can inspect in SARSE. The full projects can also be downloaded for inspection of the editing and evaluation scores: examples_projects.tar.gz (132 MB)

You can download the analysed alignment (pcluster.col) or the original Rfam alignment (rfam.col). The alignments are in the column format and can thus be loaded directly in SARSE. You can also download all the files at once: Rfam_8.0_sarse.tar.gz

You can sort the Rfam alignments by: Inconsistent base pairs, Novel base pairs, Consistent base pairs

The consistent predictions are sorted into three groups with high (green), medium (orange) and low (red) average reliability (Av.rel.). Within each of these groups the alignments are sorted by the consistency score (Sco) divided by the amount of sequences in the alignment (N).

Rank	Rfam_ID	Sco/N	Av.Rel.	Plot	Download
1	IRES_Aptho	233.4	0.9890		pcluster.col.gz rfam.col.gz
2	bicoid_3	191.3	0.9110		pcluster.col.gz rfam.col.gz
3	SRP_euk_arch	182.2	0.9692		pcluster.col.gz rfam.col.gz
4	SSU_rRNA_5	181.9	0.9811		pcluster.col.gz rfam.col.gz
5	Telomerase-vert	178.7	0.9912		pcluster.col.gz rfam.col.gz
6	RNaseP_bact_b	170.3	0.9866		pcluster.col.gz rfam.col.gz
7	rne5	152.1	0.9508		pcluster.col.gz rfam.col.gz
8	U1_yeast	139.7	0.9441		pcluster.col.gz rfam.col.gz
9	IRES_Pesti	137.6	0.9688		pcluster.col.gz rfam.col.gz
10	RRE	129.9	0.8568		pcluster.col.gz rfam.col.gz
11	RNaseP_arch	121.8	0.9826		pcluster.col.gz rfam.col.gz
12	tmRNA	111.1	0.9818		pcluster.col.gz rfam.col.gz
13	RNaseP_bact_a	107.0	0.9952		pcluster.col.gz rfam.col.gz
14	HgcG	98.6	0.8807		pcluster.col.gz rfam.col.gz
15	Alfamo_CPB	93.6	0.8894		pcluster.col.gz rfam.col.gz
16	IRES_Picorna	90.6	0.9544		pcluster.col.gz rfam.col.gz
17	Lysine	88.8	0.9871		pcluster.col.gz rfam.col.gz
18	6S	87.9	0.9872		pcluster.col.gz rfam.col.gz
19	Cobalamin	79.9	0.9993		pcluster.col.gz rfam.col.gz
20	U11	79.2	0.9894		pcluster.col.gz rfam.col.gz
21	CsrB	78.5	0.9575		pcluster.col.gz rfam.col.gz
22	U2	77.8	0.9862		pcluster.col.gz rfam.col.gz
23	ykoK	77.2	0.9897		pcluster.col.gz rfam.col.gz
24	IRES_Cripavirus	74.4	0.9294		pcluster.col.gz rfam.col.gz
25	T-box	72.8	0.9909		pcluster.col.gz rfam.col.gz
26	RNase_MRP	72.2	0.9570		pcluster.col.gz rfam.col.gz
27	IRES_HCV	71.6	0.8893		pcluster.col.gz rfam.col.gz
28	RNaseP_nuc	71.2	0.9937		pcluster.col.gz rfam.col.gz
29	U1	70.8	0.9946		pcluster.col.gz rfam.col.gz
30	U12	70.2	0.9748		pcluster.col.gz rfam.col.gz
31	VA	69.8	0.9606		pcluster.col.gz rfam.col.gz
32	R2_retro_el	69.7	0.9675		pcluster.col.gz rfam.col.gz
33	glmS	65.8	0.9970		pcluster.col.gz rfam.col.gz
34	Telomerase-cil	65.1	0.9769		pcluster.col.gz rfam.col.gz
35	yybP-ykoY	63.8	0.9777		pcluster.col.gz rfam.col.gz
36	RNAI	63.3	0.8790		pcluster.col.gz rfam.col.gz
37	SNORA73	61.6	0.9085		pcluster.col.gz rfam.col.gz
38	Toga_5_CRE	60.9	0.9221		pcluster.col.gz rfam.col.gz
39	snoMBI-87	59.4	0.8993		pcluster.col.gz rfam.col.gz
40	let-7	59.3	0.9559		pcluster.col.gz rfam.col.gz
41	ROSE	58.7	0.9785		pcluster.col.gz rfam.col.gz
42	U5	57.8	0.9957		pcluster.col.gz rfam.col.gz
43	PyrR	56.5	0.9876		pcluster.col.gz rfam.col.gz
44	SNORA54	56.1	0.9681		pcluster.col.gz rfam.col.gz
45	Intron_gpI	56.1	0.9736		pcluster.col.gz rfam.col.gz
46	Tombus_5	55.7	0.8988		pcluster.col.gz rfam.col.gz
47	SRP_bact	55.5	0.9931		pcluster.col.gz rfam.col.gz
48	snoF1_F2	54.7	0.8553		pcluster.col.gz rfam.col.gz
49	rncO	54.0	0.8714		pcluster.col.gz rfam.col.gz
50	Entero_5_CRE	53.7	0.9597		pcluster.col.gz rfam.col.gz
51	mir-199	53.5	0.8627		pcluster.col.gz rfam.col.gz
52	Leu_leader	53.3	0.8242		pcluster.col.gz rfam.col.gz
53	Gammaretro_CES	53.2	0.9174		pcluster.col.gz rfam.col.gz
54	Plasmid_RNAIII	53.2	0.8060		pcluster.col.gz rfam.col.gz
55	His_leader	52.2	0.8800		pcluster.col.gz rfam.col.gz
56	mir-192	51.8	0.9246		pcluster.col.gz rfam.col.gz
57	sroC	51.8	0.9082		pcluster.col.gz rfam.col.gz
58	mir-196	51.4	0.9527		pcluster.col.gz rfam.col.gz
59	SAM	50.4	0.9980		pcluster.col.gz rfam.col.gz
60	5S_rRNA	50.3	0.9953		pcluster.col.gz rfam.col.gz
61	mir-30	49.8	0.9230		pcluster.col.gz rfam.col.gz
62	snoMBI-28	49.8	0.8590		pcluster.col.gz rfam.col.gz
63	SNORA5	49.4	0.9500		pcluster.col.gz rfam.col.gz
64	mir-218	49.3	0.8796		pcluster.col.gz rfam.col.gz
65	SNORA69	49.0	0.8265		pcluster.col.gz rfam.col.gz
66	mir-395	49.0	0.9456		pcluster.col.gz rfam.col.gz
67	SNORA71	48.8	0.8478		pcluster.col.gz rfam.col.gz
68	SNORA74	48.6	0.8105		pcluster.col.gz rfam.col.gz
69	SNORA75	48.4	0.8972		pcluster.col.gz rfam.col.gz
70	mir-399	48.2	0.9427		pcluster.col.gz rfam.col.gz
71	SNORA62	48.1	0.9627		pcluster.col.gz rfam.col.gz
72	mir-7	48.0	0.8893		pcluster.col.gz rfam.col.gz
73	mir-194	47.3	0.9187		pcluster.col.gz rfam.col.gz
74	mir-135	47.0	0.9184		pcluster.col.gz rfam.col.gz
75	mir-34	46.8	0.9466		pcluster.col.gz rfam.col.gz
76	U4	46.7	0.9342		pcluster.col.gz rfam.col.gz
77	ydaO-yuaA	46.3	0.9642		pcluster.col.gz rfam.col.gz
78	mir-17	46.2	0.9248		pcluster.col.gz rfam.col.gz
79	TPP	46.2	0.9908		pcluster.col.gz rfam.col.gz
80	snopsi18S-1854	46.2	0.8879		pcluster.col.gz rfam.col.gz
81	mir-BHRF1-2	45.9	0.9184		pcluster.col.gz rfam.col.gz
82	SNORA65	45.9	0.8498		pcluster.col.gz rfam.col.gz
83	SCARNA25	45.8	0.8798		pcluster.col.gz rfam.col.gz
84	PrrB_RsmZ	45.6	0.9243		pcluster.col.gz rfam.col.gz
85	snoTBR17	45.5	0.8126		pcluster.col.gz rfam.col.gz
86	mir-160	45.3	0.9546		pcluster.col.gz rfam.col.gz
87	Entero_OriR	44.7	0.9486		pcluster.col.gz rfam.col.gz
88	mir-148	44.4	0.9030		pcluster.col.gz rfam.col.gz
89	QUAD	44.3	0.9377		pcluster.col.gz rfam.col.gz
90	SNORA58	44.3	0.9625		pcluster.col.gz rfam.col.gz
91	SNORA63	44.2	0.9617		pcluster.col.gz rfam.col.gz
92	L20_leader	44.0	0.9877		pcluster.col.gz rfam.col.gz
93	mir-156	44.0	0.9862		pcluster.col.gz rfam.col.gz
94	mir-6	43.8	0.9131		pcluster.col.gz rfam.col.gz
95	ctRNA_pGA1	43.6	0.9709		pcluster.col.gz rfam.col.gz
96	mir-172	43.4	0.9746		pcluster.col.gz rfam.col.gz
97	Glycine	42.4	0.9922		pcluster.col.gz rfam.col.gz
98	Tombus_IRE	42.1	0.9037		pcluster.col.gz rfam.col.gz
99	mir-166	42.0	0.9677		pcluster.col.gz rfam.col.gz
100	mir-46	41.8	0.9505		pcluster.col.gz rfam.col.gz
101	mir-15	41.7	0.9056		pcluster.col.gz rfam.col.gz
102	Parecho_CRE	41.7	0.8011		pcluster.col.gz rfam.col.gz
103	mir-129	41.7	0.8738		pcluster.col.gz rfam.col.gz
104	mir-1	41.6	0.9508		pcluster.col.gz rfam.col.gz
105	Flavi_CRE	41.4	0.9672		pcluster.col.gz rfam.col.gz
106	tRNA	41.2	0.9972		pcluster.col.gz rfam.col.gz
107	U3	41.1	0.9240		pcluster.col.gz rfam.col.gz
108	mir-181	41.1	0.8931		pcluster.col.gz rfam.col.gz
109	snoMBI-161	40.3	0.8394		pcluster.col.gz rfam.col.gz
110	mir-124	39.7	0.9455		pcluster.col.gz rfam.col.gz
111	G-CSF_SLDE	39.7	0.8621		pcluster.col.gz rfam.col.gz
112	GcvB	39.6	0.9430		pcluster.col.gz rfam.col.gz
113	Retroviral_psi	39.4	0.9115		pcluster.col.gz rfam.col.gz
114	mir-19	39.3	0.9364		pcluster.col.gz rfam.col.gz
115	TAR	39.3	0.9393		pcluster.col.gz rfam.col.gz
116	IS102	38.9	0.9327		pcluster.col.gz rfam.col.gz
117	SCARNA8	38.8	0.8310		pcluster.col.gz rfam.col.gz
118	SNORA30	38.8	0.9231		pcluster.col.gz rfam.col.gz
119	mir-130	38.7	0.8941		pcluster.col.gz rfam.col.gz
120	SraC_RyeA	38.1	0.9073		pcluster.col.gz rfam.col.gz
121	SNORA55	37.8	0.9004		pcluster.col.gz rfam.col.gz
122	mir-10	37.5	0.9291		pcluster.col.gz rfam.col.gz
123	Plasmid_R1162	37.2	0.9301		pcluster.col.gz rfam.col.gz
124	CopA	37.1	0.9486		pcluster.col.gz rfam.col.gz
125	Tymo_tRNA-like	37.0	0.9780		pcluster.col.gz rfam.col.gz
126	mir-29	37.0	0.9738		pcluster.col.gz rfam.col.gz
127	CsrC	36.8	0.9201		pcluster.col.gz rfam.col.gz
128	Qrr	36.8	0.9672		pcluster.col.gz rfam.col.gz
129	mir-8	36.7	0.9428		pcluster.col.gz rfam.col.gz
130	Intron_gpII	36.6	0.9918		pcluster.col.gz rfam.col.gz
131	Purine	36.6	0.9630		pcluster.col.gz rfam.col.gz
132	PrrF	36.6	0.8309		pcluster.col.gz rfam.col.gz
133	SNORA12	36.5	0.8681		pcluster.col.gz rfam.col.gz
134	BTE	36.1	0.9504		pcluster.col.gz rfam.col.gz
135	mir-16	36.0	0.9478		pcluster.col.gz rfam.col.gz
136	OxyS	36.0	0.8652		pcluster.col.gz rfam.col.gz
137	t44	35.7	0.9391		pcluster.col.gz rfam.col.gz
138	L10_leader	35.6	0.9971		pcluster.col.gz rfam.col.gz
139	ctRNA_pND324	35.5	0.9429		pcluster.col.gz rfam.col.gz
140	ykkC-yxkD	35.4	0.9842		pcluster.col.gz rfam.col.gz
141	mir-9	35.2	0.9251		pcluster.col.gz rfam.col.gz
142	mir-2	35.0	0.9734		pcluster.col.gz rfam.col.gz
143	FinP	34.9	0.8727		pcluster.col.gz rfam.col.gz
144	FMN	34.7	0.9641		pcluster.col.gz rfam.col.gz
145	SNORA40	33.9	0.8182		pcluster.col.gz rfam.col.gz
146	mir-101	33.9	0.9404		pcluster.col.gz rfam.col.gz
147	traJ_5	33.5	0.9312		pcluster.col.gz rfam.col.gz
148	sar	33.4	0.8789		pcluster.col.gz rfam.col.gz
149	mir-BHRF1-1	33.4	0.8779		pcluster.col.gz rfam.col.gz
150	L21_leader	33.2	0.9658		pcluster.col.gz rfam.col.gz
151	mir-92	33.2	0.8849		pcluster.col.gz rfam.col.gz
152	Thr_leader	33.2	0.9011		pcluster.col.gz rfam.col.gz
153	5_8S_rRNA	33.0	0.9968		pcluster.col.gz rfam.col.gz
154	lin-4	32.9	0.9198		pcluster.col.gz rfam.col.gz
155	HIV_PBS	32.7	0.9095		pcluster.col.gz rfam.col.gz
156	L13_leader	32.7	0.9750		pcluster.col.gz rfam.col.gz
157	mir-26	32.4	0.9539		pcluster.col.gz rfam.col.gz
158	IS128	32.2	0.8054		pcluster.col.gz rfam.col.gz
159	Vault	32.0	0.8433		pcluster.col.gz rfam.col.gz
160	mir-BART1	32.0	0.8419		pcluster.col.gz rfam.col.gz
161	SECIS	31.9	0.9978		pcluster.col.gz rfam.col.gz
162	mir-133	31.4	0.8986		pcluster.col.gz rfam.col.gz
163	SscA	31.3	0.9789		pcluster.col.gz rfam.col.gz
164	mir-103	31.2	0.8661		pcluster.col.gz rfam.col.gz
165	sroE	31.1	0.8648		pcluster.col.gz rfam.col.gz
166	ylbH	30.8	0.8194		pcluster.col.gz rfam.col.gz
167	SL1	30.7	0.8878		pcluster.col.gz rfam.col.gz
168	RyeB	30.1	0.8363		pcluster.col.gz rfam.col.gz
169	Y	29.7	0.9896		pcluster.col.gz rfam.col.gz
170	SNORA17	29.1	0.8052		pcluster.col.gz rfam.col.gz
171	Trp_leader	28.8	0.8960		pcluster.col.gz rfam.col.gz
172	Hammerhead_3	28.7	0.9643		pcluster.col.gz rfam.col.gz
173	RSV_PBS	28.7	0.9562		pcluster.col.gz rfam.col.gz
174	SNORA9	28.5	0.8060		pcluster.col.gz rfam.col.gz
175	mir-219	28.5	0.9139		pcluster.col.gz rfam.col.gz
176	speF	28.4	0.9483		pcluster.col.gz rfam.col.gz
177	RNA-OUT	28.0	0.9349		pcluster.col.gz rfam.col.gz
178	Flavivirus_DB	28.0	0.9983		pcluster.col.gz rfam.col.gz
179	MicC	27.9	0.8706		pcluster.col.gz rfam.col.gz
180	IS061	27.3	0.8041		pcluster.col.gz rfam.col.gz
181	ybhL	27.1	0.9047		pcluster.col.gz rfam.col.gz
182	SNORD70	27.1	0.8463		pcluster.col.gz rfam.col.gz
183	Rhino_CRE	27.1	0.8286		pcluster.col.gz rfam.col.gz
184	RtT	26.7	0.8916		pcluster.col.gz rfam.col.gz
185	SNORA1	26.5	0.8287		pcluster.col.gz rfam.col.gz
186	HCV_SLIV	26.5	0.9849		pcluster.col.gz rfam.col.gz
187	IBV_D-RNA	26.3	0.9545		pcluster.col.gz rfam.col.gz
188	mir-24	25.8	0.8804		pcluster.col.gz rfam.col.gz
189	HepC_CRE	25.6	0.9421		pcluster.col.gz rfam.col.gz
190	U1A_PIE	25.5	0.9124		pcluster.col.gz rfam.col.gz
191	SL2	25.1	0.9202		pcluster.col.gz rfam.col.gz
192	RyeE	25.0	0.8348		pcluster.col.gz rfam.col.gz
193	MicF	24.6	0.9458		pcluster.col.gz rfam.col.gz
194	IRES_VEGF_A	24.6	0.8188		pcluster.col.gz rfam.col.gz
195	RsmY	24.3	0.8668		pcluster.col.gz rfam.col.gz
196	L19_leader	23.8	0.9919		pcluster.col.gz rfam.col.gz
197	HCV_SLVII	23.7	0.9582		pcluster.col.gz rfam.col.gz
198	SraE_RygA_RygB	23.4	0.9001		pcluster.col.gz rfam.col.gz
199	DsrA	23.3	0.8966		pcluster.col.gz rfam.col.gz
200	ctRNA_pT181	23.3	0.9007		pcluster.col.gz rfam.col.gz
201	PrfA	22.9	0.8175		pcluster.col.gz rfam.col.gz
202	SraG	22.7	0.8736		pcluster.col.gz rfam.col.gz
203	suhB	22.7	0.9823		pcluster.col.gz rfam.col.gz
204	RybB	22.6	0.9414		pcluster.col.gz rfam.col.gz
205	ctRNA_p42d	22.0	0.9387		pcluster.col.gz rfam.col.gz
206	Antizyme_FSE	21.6	0.9313		pcluster.col.gz rfam.col.gz
207	serC	21.6	0.9818		pcluster.col.gz rfam.col.gz
208	SNORA43	21.3	0.8272		pcluster.col.gz rfam.col.gz
209	Entero_CRE	21.0	0.9547		pcluster.col.gz rfam.col.gz
210	SCARNA23	20.9	0.8259		pcluster.col.gz rfam.col.gz
211	DnaX	20.9	0.9480		pcluster.col.gz rfam.col.gz
212	Hammerhead_1	20.6	0.9462		pcluster.col.gz rfam.col.gz
213	snoZ157	20.3	0.9236		pcluster.col.gz rfam.col.gz
214	snoHBII-296A	20.3	0.8463		pcluster.col.gz rfam.col.gz
215	mir-BART2	20.0	0.8532		pcluster.col.gz rfam.col.gz
216	S15	20.0	0.9513		pcluster.col.gz rfam.col.gz
217	SCARNA14	19.9	0.8843		pcluster.col.gz rfam.col.gz
218	U7	19.7	0.9787		pcluster.col.gz rfam.col.gz
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Last updated November 5th, 2007 by E. S. Andersen, A. Lind-Thomsen and J. Gorodkin